미생물학 5장 (2) - 환경요인에 대한 미생물의 반응
2020. 4. 29. 14:59
🧬 Bio/미생물학
★★★★★★★ 용질과 수분 활성도에 대한 미생물의 반응 저장액에 들어가면 방어기작이 나타난다. MS채널이 열린다. 고장액에 들어가면 원형질막, 세포벽이 분리되는 원형질분리가 일어난다. 방어기작이 나타난다 : 세포내를 고농도로 유지 내삼투성 (호염성) : 수분활성도가 0.6에서 최적이 된다. ** pH에 따른 미생물의 반응 호중성 : 주변이 중성 pH 5.5보다 밑으로 떨어지면 내산반응 일어난다. 내산반응 : 산을 견디며 중성을 유지하려고 함 세포질의 양성자를 방출하며 자신의 산도를 높인다. 그러기 위해서 양성자수송 ATP 가수분해효소 작용 일어난다. ** pH 4.5보다 밑으로 떨어지면 산충격단백질 합성 유도 산충격 단백질 : 단백질에서의 산성을 복구하는 복구단백질 호산성 : 주변이 산성 자기의 pH를 ..
유전공학 10장 - Next Generation Sequencing (2)
2020. 4. 27. 11:46
🧬 Bio/유전공학
Genome = Gene + chromosome Shotgun approach : 탄환처럼 잘라서 붙이기 DNA를 잘게 토막 낸 후 염기서열을 분석한 뒤, 이 서열 자료들을 컴퓨터에 넣으면 서로 겹치는 부분을 컴퓨터가 찾아내어 순서를 짜맞춰주는 방식 Clone contig approach : 잘게 잘라서 클론들을 중첩되게 배열하는 것 클론 순서로 Clone Contig Approach 순서대로 중첩되게 하는 방법 3가지 **** 1. Chromosome walking 2. Clone fingerprinting 3. Molecular markers : 유전자도 아니면서 독특한 위치가 정해진 서열들은 지표상 중요한 역할을 한다. 너무 잘게 자르진 않게 자른다. 큼직큼직하게 자른다. BAC library 중첩..
미생물학 5장 (1) - 미생물의 생장
2020. 4. 25. 17:04
🧬 Bio/미생물학
세균의 증식방법 이분법 출아 중복분열 : 남세균에서 일어난다. **** 대장균의 세포분열 세포가 복제될 때 레플리솜(대장균 복제에 관여하는 단백질들이 이룬 구조)이 형성된다. 복제 후 분리가 되기 전에 이미 복제원점으로부터 복제가 시작되어 진행된다. 즉 복제 & 세포질분열 동시에 일어난다. 세포질분열 : FtsZ 단백질이 Z고리를 형성하여 세포질 분열한다. FtsZ 세포골격 단백질 Z고리를 만드는 단백질 FtsZ는 원형질막 바로 아래에 생성된다. Z고리는 가운데에 몰려 있다. Z고리가 형성되면 세포막이 함입되고 격벽이 합성된다. MinCDE 단백질 복합체 Z고리 형성을 억제한다. Z고리가 있는 부분에서는 MinCDE 농도가 낮다. MinCDE가 없는 부분에 Z고리가 형성 된다. MinCDE는 양 끝 쪽에..
유전공학 10장 - Next Generation Sequencing
2020. 4. 23. 11:43
🧬 Bio/유전공학
Sanger Sequencing dNTP : DNA polymerase가 dNTP의 상보적인 DNA를 합성 산소 한개가 떨어진 ribose ddNTP(dideoxy nucleotide) : 합성 중단, 염기에 따라 다른 형광 산소 두개가 떨어진 ribose 모든 조각들의 마지막에는 dd가 들어간다. 주형의 서열을 알고 싶다면 primer 를 붙여야 한다. Automated DNA Sequencing Sanger가 느려서 만든 것. Sanger와 원리가 같지만 ddNTP에 다른 형광물질을 붙여서 사용한다. 전기영동으로 분리하며 하단에 (+) 전하로 (-)인 DNA가 짧은 순으로 끌려간다. (+) 전하쪽으로 빠져 나올 때 Laser를 쏜다. Chain termination single strand DNA 의..
미생물학 4장 (5) - 바이로이드, 프리온
2020. 4. 22. 12:28
🧬 Bio/미생물학
바이로이드 : 원형의 단일가닥 RNA 바이러스와 달리 핵산이 단백질 껍데기로 싸여있지 않다. 단백질이 없는 100% RNA로만 되어있는 상태 바이로이드RNA는 단백질을 암호화하는 유전자가 없다. **** 바이러스의 도움 없이 감염이 되고 복제도 가능하다. **** RNA사일런싱 : 바이로이드RNA가 숙주의 mRNA서열에 결합하여 자른다. 숙주의 RNA파괴, 질병유발 프리온 핵산이 없다. 단백질 자체가 감염원이다. 기작 감염원이 들어온다. 정상프리온이 비정상프리온으로 바뀐다. 비정상 프리온의 응집화가 일어남 : aggregation 비정상 프리온의 섬유화가 일어남 = 길어짐 : fibrilization 뇌세포 사멸 크로이츠펠트-야콥병 (CJD) : 인간 광우병 Stanly Pruisner “Protein ..
유전공학 9장 - 중합효소 연쇄 반응(PCR:The polymerase chain reaction)
2020. 4. 20. 23:25
🧬 Bio/유전공학
Designing primer primer가 너무 짧다면 다양한 DNA가 만들어져 background가 커진다. primer가 너무 길다면 주형 DNA와 혼성화를 이루는 속도가 느려진다. 17mer 짜리 primer가 가장 적당하다. Tm = (4×[G+C]) + (2×[A+T])℃ Studying PCR product Agarose gel electrophoresis qPCR : 증폭과 정량을 동시에 하는 PCR The polymerase chain reaction (PCR) 1970년대에 gene cloning기술의 개발은 이전에 불가능했던 방법으로 유전자와 유전자 활성에 대한 연구를 가능하게 함으로써 신선한 자극으로 받아들여졌다. 두번째 혁신적인 방법 - polymerase chain reactio..
미생물학 4장 (4) - 용균성, 용원성
2020. 4. 17. 17:03
🧬 Bio/미생물학
용원성 (lysogenic) 숙주가 휴지상태에 있을 때, 파지는 용원상태로 염색체 유지 Prophage : 파지의 DNA가 세균의 염색체 안으로 들어가버린 상태 프로파지 상태로 감염된 숙주 : 용원균 중복감염 면역성 : 용원균은 동일한 파지에 의해 재차 감염이 일어나지 않는다 그람음성 살모넬라균 : 파지감염이 되면 LPS가 수용체 역할을 못하면서 중복감염 면역성이 생긴다. 바이러스 감염의 종류 급성감염 : 들어가자마자 용균해서 바이러스를 방출시킨다. 비리온을 방출시킨다. 잠복감염 : 유전체는 존재하지만 세포가 죽지않음. 비리온을 방출시키지 않는다. 만성감염 : 평생 갖고 간다. 비리온 조금씩 방출 암세포 유도 : 바이러스가 암유발 유전자를 가지고와서 우리의 세포가 암으로 변형 종양억제유전자인 Rb, p5..
유전공학 8장 (2), 9장 - 유전자 및 유전체 구조 연구
2020. 4. 16. 11:47
🧬 Bio/유전공학
PCR Denaturation 95 ℃ 1 min DNA 분리 Annealing 50 ℃ - 60 ℃ 1 min 온도를 낮추어 primer가 서열 말단에 결합 Polymerization 72 ℃ 2 min Taq DNA polymerase가 주형 DNA의 상보적인 DNA 합성 2^(n-2) : 3번째 주기가 되어서야 비로소 내가 원하는 가닥 2개가 나온다. 30 Cycle 후 : 2^28 Annealing 온도 맞추기 염기 갯수를 센다. 두가닥이 헤어지는 온도 = Tm = [4 x (G+C)] + [2 x (A+T)] ℃ Annealing 온도 = Tm - (1~2℃) 1) Labelling with a biotinylated nucleotide Avidin이라 불리우는 단백질과 높은 친화도를 가진 유기..
미생물학 4장 (3) - 박테리오페이즈
2020. 4. 15. 14:01
🧬 Bio/미생물학
바이러스의 핵산 대부분의 세균바이러스는 dsDNA를 갖는다. 대부분의 RNA바이러스는 ssRNA를 갖는다. 대부분의 식물바이러스는 ssRNA를 갖는다. 인플루엔자, 사스, AIDS는 ssRNA를 갖는다. 대부분의 RNA바이러스는 분절유전체를 갖는다. 숙주 용균에 필요한 단백질 홀린 : 원형질막에 구멍을 내게 한다. 라이소자임 : 펩티도글리칸을 분해한다. 스파이크 단백질 = 페플로머 라고도 한다. 바이러스의 증식 흡착 → 침투 → 껍질 벗기 → 합성,복제 → 조립 → 방출 흡착 : 바이러스의 스파이크가 세포의 수용체와 결합 그람 음성 : 지질다당체가 수용체로 작용 그람 양성 : 테이코산, 선모, 편모가 수용체로 작용 동물바이러스 : 지질뗏목(lipid raft)가 수용체로 작용 침투 : 바이러스가 세포막에..
유전공학 7장 (2), 8장 - 특정 유전자의 클론을 얻는 방법
2020. 4. 13. 12:36
🧬 Bio/유전공학
어떻게 내가 원하는 Clone을 고를 것인가? Direct Selection Gene Library = Clone Library cosmid에 담고 packaging하여 만든다. cDNA Library 염색체 서열은 암호화 부위만 발현된다. 발현이 안되는 유전자는 Silent gene이다. DNA가 아니라 mRNA를 이용하여 발현되는 유전자들만 담는 Library Expression Library : 단백질까지 만들어지는 Library cDNA cloning : mRNA는 cDNA 합성에 의해 DNA로 전환될 수 있다. First strand synthesis : mRNA의 poly(A) tail에 oligo(dT) primer를 결합시킨다. 역전사효소(Reverse transcriptase) 첨가 RN..
미생물학 4장 (2) - 인플루엔자 바이러스
2020. 4. 10. 16:11
🧬 Bio/미생물학
코로나 바이러스 ACE2 : angiotensin 자르는 효소, 코로나의 수용체 역할 하는 단백질 스파이크 단백질 당단백질 sugar chain : 인체의 면역시스템 피해가는 기작 ACE2 의 binding interface에 붙는다. ACE2 와 binding 일어나는 부위 : 스파이크 단백질의 윗부분 원형질막과 융합이 일어나는 부위 : 스파이크 단백질의 뿌리부분 인플루엔자 바이러스 외피 O single strand RNA가 분절되어 있다 = 분절유전체 single strand RNA를 나선형캡시드가 감싸고 있다. 나선형캡시드 -> 유연성이 높다 -> 형태다형성 스파이크 단백질 2가지 헤마글루티닌 (H) : 적혈구 응집소 : 적혈구를 응집시킬 수 있다. (항원-항체) 시알산 결합시키는 단백질 세포에 들..
유전공학 7장 - 대장균 이외의 다른 생물체 용도의 클로닝 벡터
2020. 4. 9. 11:46
🧬 Bio/유전공학
Yeast에 형질전환체 넣기 YEp13 : Yeast Episomal plasmid shuttle vector : 2가지의 replication origin 같기 때문에 Ecoli 에서 증식할 수도 있고, Yeast 에서도 증식할 수 있다. selection marker ampR tetR LEU2 gene : LEU2가 있어야 배지에서 살아남을 수 있다. LEU2가 없는 mutant를 host cell로 해서 선별한다. 호스트는 2가지이다 : Ecoli, Yeast **** Homologous recombination : YEp13가 LEU2 유전자로 인해 Yeast chromosome으로 recombination이 된다. YIp5 pBR322를 가지고 있고 대장균에서 증식 가능 Selection mak..
미생물학 4장 (1) - 바이러스의 구조
2020. 4. 8. 10:26
🧬 Bio/미생물학
ATV : 고세균바이러스 : 고온에서 숙주 밖에 있을 때 꼬리가 관찰된다. 비리온 : 완전한 입자형태가 갖추어진 바이러스 입자 뉴클레오캡시드 : 핵산 + 단백질 껍질 (막이 없다) 캡시드 : 핵산보호 핵산 번역 >> 단백질 생성 >> 프로토머 >> 캡소머 프로토머가 모여서 캡소머가 된다. 스파이크 단백질 : 외피가 있는 바이러스의 막에 있는 막단백질 수용체에 붙기 위해 작용 캡시드 모양 2가지 정이십면체 캡시드 나선형 캡시드 : RNA를 나선형으로 감싸는 캡시드 바이러스의 핵산 종류 DNA RNA double strand single strand + : 단백질을 바로 번역할 수 있다. - : +로 된 후 단백질을 번역할 수 있다. 코로나 바이러스 스파이크 단백질이 ACE2 라는 수용체에 가서 붙는다. 코..
유전공학 6장 - 대장균(E. coli) 용도의 클로닝 벡터
2020. 4. 6. 18:08
🧬 Bio/유전공학
박테리아의 개량 벡터 pBR322 Copy number : 15 크기 < 10kb Selection marker : ampR, tetR pBR327 Copy number : 30-45 Conjugative ability를 못하게 만듦 (항생제 내성을 갖는 슈퍼박테리아가 나올 수 있어서) biological containment : 생화학적 제약 pUC8 Copy number : 500-700 Selection marker : ampR, lacZ’ lacZ를 써서 one-step selection이 가능하다. White Colony 추출 Mutiple cloning site : 여러개의 제한효소 자리가 있다. T7 & SP6 promoter T7과 SP6는 박테리오페이즈이다. 자기의 RNA polymera..
미생물학 3장 (2) - 진핵세포의 세포내흡입
2020. 4. 3. 15:05
🧬 Bio/미생물학
세포내흡입 : 세포막이 함입되면서 흡입 음세포작용(피노솜) : 작은 입자 흡입 식세포작용(파고솜) : 큰 입자 흡입 , 파고솜만이 direct하게 라이소좀과 결합한다. 클라스린의존성(클라스린피복구) : 호르몬, 콜레스테롤 흡입 카베올린의존성(카베오솜) : 신호 전달이 되어야 흡입을 시작한다. 카베오솜 → 초기엔도솜과 융합 → 후기엔도솜과 융합 → 라이소좀과 융합 자가소화 (autophage) : 미토콘드리아가 파괴될 때 ** 진핵세포의 리보솜 : 80S Ribosome 60S + 40S 60S = 5S / 5.8S / 28S rRNA + 50개 단백질 40S = 18S rRNA + 30개 단백질 세균의 리보솜 : 70S Ribosome 50S + 30S 50S = 5S / 23S rRNA + 34개 단백..
유전공학 5장 - Introduction of DNA into living cells
2020. 4. 2. 10:45
🧬 Bio/유전공학
세균 형질전환체 만들기 : 플라스미드 DNA를 세균 안에 넣기 CaCl2 : 플라스미드가 세포에 달라 붙는다. 42℃ 열충격 : 세포안으로 들어간다. Phenotypic expression(표현형 발현)할 시간 주기 : 37℃, 1 hour (그렇지 않으면 항생제 내성유전자가 들어갔어도 사멸 할 수 있음) 재조합체 선별하기 : Selection marker 이용하기 Insertional inactivation : 유전자가 성공적으로 ligation 됐냐 ampicilin resistance tetracyclin resistance ← BamH1로 자른다. 여기에 새 유전자 삽입 Selectable marker : 비형질전환체가 가지고 있지 않은 새로운 특징을 형질전환된 세포에 제공하는 유전자를 말한다. ..