분자생물학 8장 - 유전체 구조, 염색질 그리고 뉴클레오솜
2020. 9. 25. 11:19
🧬 Bio/분자생물학
유전체 구조 염색질(Chromatin) : DNA + 단백질 결합체 히스톤 : 결합단백질 비히스톤 : DNA 복제, 전사 담당 뉴클레오솜 : DNA + 히스톤 염색체는 원형 혹은 선형일 수 있다. Topoisomerase : 원형 염색체가 복제된 후 딸 분자를 분리하는 역할 모든 세포는 특정수의 염색체를 가진다. 원핵세포는 핵양체(nucleoid)라는 염색체를 가지고 있다. 플라스미드를 가지고 있기도 하다. 핵양체 : 핵과 유사한 물체 진핵세포는 이배체(diploid)이며 주어진 염색체의 두 복사체를 상동체(homolog) 라고 한다. 진핵세포는 내부공간을 나누어 놨다. 유전체의 크기는 생물의 복잡성과 연관되어 있다. 1. 비암화서열은 바로 뒤의 암호화부위의 전사조절부위로 작용한다. Ex) 프로모터 2...
분자생물학 4장 - DNA 입체구조 (2)
2020. 9. 11. 13:17
🧬 Bio/분자생물학
수소결합과 소수성 인력은 서로 상호 협력적이다. 이중나선구조가 유지되려면 양전기적인 요소가 있어야 이중나선 주변이 전기적으로 중성이 되고 두 사이의 거리가 가까워져서 수소결합이 이루어질 수 있다. 진핵세포의 경우 히스톤단백질이 음전하를 상쇄시켜준다. 양쪽가닥에 존재하는 염기들 사이에서 상쇄되므로 두가닥이 묶이게 된다. 안쪽으로 모여서 차곡차고 쌓여야 정렬이되고 수소결합이 가능하게 된다. Base stacking 인력은 상호 협력적이다. 만약 수소결합을 끊으면 더 이상 마주보아야할 이유가 없으므로 구조가 무너지게 된다. 수소결합과 소수성결합은 상호 협력적이다. 또한 수소결합끼리에도 상호 협력적이고 소수성결합끼리도 상호협력적이다. 위에서 A와 T가 수소결합이 되어있으면 그 밑에 수소결합도 위가 결합되어 있으..
분자생물학 4장 - DNA 입체구조 (1)
2020. 9. 8. 13:21
🧬 Bio/분자생물학
DNA는 폴리뉴클레오티드 사슬로 구성되어 있다. 각각의 염기는 선호하는 토토머형을 가진다. 이중나선의 두 가닥은 역평행 방향으로 서로 감고 있다. 이중나선의 두 사슬은 상보적인 서열을 가진다. 이중나선은 염기쌍과 염기중첩에 의해 안정화된다. 수소결합은 염기쌍 형성의 특이성을 위해 중요하다. 염기는 이중나선으로부터 돌출되어 나올 수 있다. DNA는 보통 오른손방향의 이중나선이다. 이중나선은 작은홈과 큰홈을 가진다. 큰홈은 화학적 정보가 풍부하다. 이중나선은 다양한 구조로 존재한다. DNA는 때로 왼손방향 나선을 갖기도 한다. DNA 가닥은 분리되고 재생될 수 있다. 일부 DNA 분자는 원형이다. DNA 입체구조의 특징 인 당 염기 – 염기 당 인 10개가 하나의 턴이 되는 것을 보여주는 실험 모아서 전기영..
DMSO 역할 및 독성
2020. 7. 16. 10:38
🧬 Bio/생명공학
DMSO는 dimethyl sulfoxide의 약자다. DMSO는 cell culture에서 자주 등장하는데, 실로 역할이 다양하다. DMSO는 polymerase chain reaction (PCR)에서 DNA template나 DNA primers에서 secondary structures의 형성을 방해하는 역할을 한다. DNA가 쫙 펼쳐져있어야 PCR이 원활하게 일어날 수 있을테니 납득할 수 있겠다. DMSO는 cryoprotectant에서도 쓰일 수 있다. cell media에 DMSO를 섞어주면 동결 과정에서 얼음 형성으로 인한 세포 타격을 줄여주는 효과가 있다. 약 10% 농도의 DMSO에서 slow-freeze method를 썼을 경우, 세포가 영하 80 °C에서 동결되고, 액체질소에서 안전히..
Cancer 용어 정리
2020. 7. 13. 09:37
🧬 Bio/생명공학
Xenograft Xenograft란 용어는 우리 말로는 "이종 이식"이며 서로 다른 종(species) 간에 조직이나 장기를 옮겨 심는 것을 말합니다. 돼지의 간을 사람에게 이식한다면 xenograft liver transplantation이라고 하는 거지요. 질문에서 xenograft tumor라는 것은, 예를 들자면, 사람에게서 발생한 암조직을 실험용 쥐에 이식한 것을 의미합니다. 암세포를 배양접시에서 배양하는 것 (in vitro)에 비해, 마우스에 옮겨서 xenograft 모델을 만들게 되면 암세포 외의 주변세포들과의 상호작용이 고려되기 때문에 좀 더 실제와 같은 조건에서 연구할 수 있는 장점이 있습니다. 참고로, 쥐에서 생긴 암조직을 다시 쥐로 이식할 때는 동종이식, 영어로는 allograft..
RNAi - shRNA, siRNA, miRNA, Knockdown, lncRNA
2020. 7. 10. 17:29
🧬 Bio/생명공학
RNAi - RNA interference. A process of mRNA cleavage and degradation that is induced by double-stranded RNA in a sequence specific manner. - A phenomenon in which the introduction of double-stranded RNA (dsRNA) into a diverse range of organisms and cell types causes degradation of the complementary mRNA. - 일반적으로 RNAi라는 용어는 dsRNA에 의해 sequence specific하게 타겟 mRNA이 degradation되어 특정 유전자가 down regulati..
유전공학 요약노트
2020. 6. 30. 23:14
🧬 Bio/유전공학
유전공학 2장 - Vehicles for gene cloning Cloning Vector 조건 복제가 가능해야한다. Selection marker를 가져야 한다. 10kb 이하여야 한다. 박테리아에 넣게 플라스미드 selection marker 지닌다 : Antibiotic resistance replication origin이 있다. Copy number를 조절할 수 있다. conjuction을 통해 전달이 가능하다. 독립적으로 존재한다. 복제 방법 Non-integrative plasmid : 숙주의 DNA polymerase 사용 Integrative plasmid (Episome) : 숙주의 염색체에 삽입돼서 복제된다. Conjugation : 가까이 연접해서 recombinant DNA가 복제..
미생물학 요약노트
2020. 6. 30. 16:51
🧬 Bio/미생물학
미생물학 1장 휘태커 5계 분류 체계 five kindom = 5계 분류체계 모네라 (원핵세포) 원생생물 진균 동물 식물 Woese 3영역 분류체계를 보아라 이렇게 계통수 확립을 할 수 있도록 크게 3영역으로 나눴다. 바이러스는 3영역 분류체계에 들어가지 않는다. 세균 고세균 진핵생물 라이보자임 가장 최초에 나타나서 복제하고, 합성하기위해 RNA를 사용했다. 효소의 기능을 가진 RNA 남세균 : 최초로 산소를 만들어낸 생물 계통분석 : rRNA의 염기서열을 이용한다. 내부공생설 증거 세균의 유전체 서열이 비슷하다. 막이 두개이다. 자체 DNA 수소가설 : 산소가 없었을 당시 중요한 가설 미생물학의 기원 레벤후크 : 현미경 최초 발견, 자기 구강세균 발견 파스퇴르 : 자연발생설 (백조목 플라스크 실험), ..
미생물학 12장 (2)
2020. 6. 20. 17:36
🧬 Bio/미생물학
이중 영양 생장 : 포도당을 먼저 쓰고, 젖당을 쓴다. 이화물 오페론 CAP를 활성화 시키려면 cAMP가 필요하다. 포도당이 많다 >> ATP 많다, cAMP 적다 >> CAP 비활성화 >> 젖당오페론 비활성화 포도당이 적다 >> ATP 소모, cAMP 많다 >> CAP 활성화 >> 젖당오페론 활성화 젖당 오페론 기작 (포도당 X, 젖당 X) 조절유전자에서 억제자가 만들어진다. 그 억제자가 작동유전자에 붙는다. 포도당이 없으면 ATP도 없어지고, cAMP가 많아진다 cAMP는 CAP 단백질을 활성화시킨다. 그러나 억제자가 전사를 불활성화 시켜서 젖당 분해효소가 만들어지지 않는다. (포도당 O, 젖당 X) : 가장 젖당 분해 효소가 안 만들어질 때 조절유전자에서 억제자가 만들어진다. 그 억제자가 작동유전자..
유전공학 16장 (2) - 성염색체 marker, 기원 추적 marker, Haplotype
2020. 6. 18. 12:15
🧬 Bio/유전공학
성염색체 관련 marker Amelogenin : 이빨 형성하는 단백질 AMEL marker는 X염색체, Y염색체 위에 둘다 있다. X염색체 위에 있는 Amelogenin 유전자는 작다. Y염색체 위에 있는 Amelogenin 유전자는 크다. 여자는 PCR 해보면 작은 것 두개가 겹쳐서 나온다. 남자는 PCR 해보면 큰 것 하나, 작은 것 하나 나온다. 인류의 기원을 추적하는 marker STR marker SNP marker mtDNA marker Y Chromosome marker Haplotype Haploid(반수체) + Genotype(유전형) 동일 염색체상 복수좌위에서의 대립형질 조합 SNP를 보는데 몇개씩 묶어서 보는 것 SNP 묶음의 모든 경우의 수 성 염색체 관련 marker Amelog..
미생물학 12장 (1) - 젖당오페론, 트립토판오페론, Riboswitch
2020. 6. 17. 11:01
🧬 Bio/미생물학
젖당오페론 조 - 프 - 작 - 구 오페론 = 프로모터 + 작동유전자 + 구조유전자 (조절유전자 포함 X) 조절유전자 = 억제자를 암호화하는 유전자 젖당오페론 기작 (포도당 O, 젖당 X) 조절유전자에서 단백질이 만들어진다. 그 단백질이 작동유전자에 붙으면서 전사가 불활성된다. 젖당 분해 효소가 만들어지지 않는다. (포도당 X, 젖당 O) 조절유전자에서 나온 단백질이 만들어진다. 그 단백질에 젖당이 붙으면서 작동유전자에 젖당+단백질이 붙지 않는다. RNA중합효소가 프로모터에 붙는 것을 CAP가 도와준다. 포도당이 없다면 ATP -> ADP -> cAMP 과정이 일어난다. cAMP는 CAP 단백질을 활성화 시킨다. RNA중합효소가 프로모터에 붙으면서 전사가 활성화 된다. 젖당 분해 효소가 만들어진다. (포..
유전공학 16장 (1) - Genetic Marker
2020. 6. 15. 12:44
🧬 Bio/유전공학
DNA Marker 특정 유전자의 염색체 상 정확한 위치를 나타내주는 것 DNA Marker의 종류 - DNA 다형성에 근거 RFLP marker 제한효소로 잘랐을 때 잘린 조각들의 패턴이 다르게 나타나는 마커 다형성이 떨어지고 전기영동을 해야해서 좋은 마커는 아니다. STR marker 짧은 반복 서열 많은 수의 대립자가 존재한다. 다형성이 아주 좋다. 반복단위는 2 ~ 5 bp가 흔하다. 복제할 때 DNA중합효소가 실수해서 copy수가 굉장히 다양할 수 있어서 다형성이 크다. 가장 이상적인 마커 SNP marker (Single nucleotide polymorphism) 단일 염기서열 다형성 마커 다형성을 나타내는 염기 주변의 유니크한 서열 EST marker (Expressed Sequence T..
미생물학 11장 (2) - 전사 종결, 번역
2020. 6. 12. 14:43
🧬 Bio/미생물학
-10 서열 = Pribnow box = TATA box A와 T가 많아서 쉽게 열린다. 열리면서 전사가 시작된다. 종결 인자비의존적 종결 ★ 단백질의 필요가 없이 DNA 서열로 종결이 가능하다 역반복 서열 : A rich 서열 ★ A가 많으면 수소결합이 약하다. 줄기와 고리구조가 생기면서 끌어당기는 힘으로 작용하여 떨어져나가기 쉬운 모양이 된다. RNA 중합효소의 활성이 억제된다. 인자의존적 종결 ★ 로인자가 rut sequence에 붙는다. 로인자는 헬리케이스 활성을 통해 RNA,DNA 혼성체가 분리된다. 번역 (Translation) 암호화 부위에 있는 염기는 3개씩 코돈을 이룬다. tRNA의 안티코돈이 코돈을 읽는다. tRNA에 붙어있는 아미노산을 연결시키기 위함이다. 아미노산을 지정하는 코돈 :..
미생물학 11장 (1) - 전사
2020. 6. 11. 16:02
🧬 Bio/미생물학
폐렴균 형질전환 실험 그리피스 (1928) 사멸된 S형 균주 + 살아있는 R형 균주 = 살아있는 S형 균주 + 살아있는 R형 균주 DNA가 유전물질일 것이다. 에이버리 RNA와 단백질을 파괴해도 형질전환이 일어났다. DNA를 파괴하니 형질전환이 일어나지 않았다. 형질전환을 일으키는 요소는 DNA이다. 허스 & 체이스 (1952) 박테리오파지를 35S로 표지된 껍질 단백질, 32P DNA를 표지하고 세균에 감염 세균 안으로 들어간 것은 단백질이 아니라 DNA이다. 유전물질은 단백질이 아니다 를 증명 왓슨 & 크릭 (1953) DNA 이중나선 발견 E coli 세균 염색체는 환형이다. ★ oriC 라는 복제원점에서부터 복제가 시작된다. 세타구조 : 전체 염색체 중 30%가 복제된 상태 DNA 중합효소 lll..
유전공학 15장 (2) - 제초제 내성 작물
2020. 6. 11. 12:04
🧬 Bio/유전공학
EPSPS : 트립토판, 타이로신, 페닐알라닌을 못 만들게 하여 식물이 자라지 않는다. 제초제 내성 작물 만들기 “Roundup Ready” Agrobacterium CP4에서 얻은 EPSPS gene은 제초제 내성이 있다. 제초제 내성 유전자에 leader sequence를 붙여야 한다 : 엽록체까지 도달하기 위함 Multigene Shuffling을 하여 가장 active한 것을 고른다. DNA shuffling Accelerated evolution : 진화를 가속화시킨다. Directed evolution : 원하는 쪽으로 진화시킬 수 있다. Diversification : 다양한 것들 만들어야 한다. Selection : 원하는 것을 골라야 한다. Amplification : 많이 만든다. Se..
유전공학 14장 (3), 15장
2020. 6. 4. 20:22
🧬 Bio/유전공학
Introduction of the correct version 정상 유전자의 도입 Antisense version 발현되는 가닥(mRNA)의 거꾸로 서열인 Antisense RNA를 붙여줘서 mRNA의 발현을 억제한다. Suicide gene therapy 화학요법으로 인한 파괴를 촉진시키는 유전자를 사용한다. 15장 이상적인 살충제 Highly selective : 특정 해충들만 공격 Biodegradable : 생태계에 오래남아 있으면 해를 주기 때문에 생 분해가 되어야 한다. Affects all the parts of plants : 식믈의 안쪽 or 농작물의 내부까지 잘 효과가 나타나야한다. Positional effect 유전자 발현이 활성화 되어있는 부분에 삽입된 경우를 골라야 한다. GM..