배아 줄기세포(ESC)와 유도 만능 줄기세포(iPSC)의 유전자 발현 패턴 분석
2021. 10. 20. 17:37
📌 Internship/BIG Lab
배아 줄기세포(ESC)와 유도 만능 줄기세포(iPSC)의 유전자 발현 패턴 분석 Introduction Background 신약개발의 패러다임은 화학물질의 합성을 통한 합성 신약의 개념에서 출발하였지만 현재는 단백질 공학을 이용한 항체 치료와 같은 바이오 신약의 개념으로 그 의미가 확장되어왔다. 최근에는 치료를 위해 살아있는 세포를 환자에게 직접 주입하는 세포 치료의 개념으로 더욱 확장되고 있다. 재생 의학은 선천적 돌연변이에 의한 유전적 변형 혹은 불의의 사고나 퇴행성 질환으로 인해 기능성을 잃어버린 인체의 기관이나 세포를 정상적으로 되돌리는 것을 목표로 하고 있다. 이러한 재생 의학의 발전에 이바지한 커다란 사건들을 꼽아보자면 줄기세포(stem cell)의 발견과 역분화(reprogramming)를 ..
Bioinformatics tool installation
2021. 4. 1. 14:29
📌 Internship/BIG Lab
기본 sudo apt-get install 툴이름 웹페이지를 통한 다운로드 wget 다운로드링크 tar -zxvf 파일이름.tar.gz sudo nano /etc/environment # PATH 수정 bowtie2 sudo apt install bowtie2 samtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2 tar -jvxf samtools-1.11.tar.bz2 cd samtools-1.11 make make prefix=$HOME/tools/samtools install # path where to install samtools # add path to your .bashrc f..
bcftools 설치하기
2021. 3. 19. 17:32
📌 Internship/BIG Lab
1. 다운로드 사이트 접속 www.htslib.org/download/ 2. bcftools-1.12 download 링크 복사 3. 다운로드 wget github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.12/bcftools-1.12.tar.bz2 4. 압축 풀기 tar -jvxf bcftools-1.12.tar.bz2 5. cd bcftools-1.12 6. make 설치완료 관련 fatal error woochan-autobiography.tistory.com/601 make 에러 에러메시지 fatal error: zlib.h: No such file or directory 해결책 zlib file을 위한 패키지를 설치해 주어야 한다. sudo apt-get ins..
Workspace 설치
2021. 2. 26. 17:34
📌 Internship/BIG Lab
git 을 이용한 github 파일 다운로드 sudo apt-get install git git clone git://github.com/dceoy/docker-bio.git 다운 받아진 디렉토리, docker-compose.yml 가 있는 디렉토리에서 sudo docker-compose up ubuntu 20.04 컨테이너 만들기 docker run ubuntu:20.04 class1 이름으로 우분투 만들기 docker run -t -d --name class1 ubuntu:20.04 class1 컨테이너 실행 docker start class1 class1 우분투 쉘스크립트 실행하기 docker exec -it class1 /bin/bash 다운받은 image 확인 docker images 이미지가 ..
Docker 에서 CentOS7 설치 및 IGV 설치 및 실행
2021. 2. 1. 20:35
📌 Internship/BIG Lab
docker pull centos docker run -it centos /bin/bash yum을 이용한 sudo 설치 yum install -y sudo apt 설치 설치 확인 rpm -qa | grep apt apt-get >> 설치 되지 않음 yum list apt yum repo에도 없음 rpm -qa | grep rpmforge-release yum repolist Mac OS jdk 설치하기 그다음 IGV 더블클릭