Cell culture
2021. 11. 7. 16:11
🧬 Bio/생명공학
Cell culture 목차 1. Cell culture 1) Cell culture 란? 2) Cell culture의 종류 3) Subculture 4) Cell culture 방식 2. CHO cell 1) CHO cell 이란? 2) CHO-k1 cell 3. 실험 재료 및 방법 1) Trypsin-EDTA 2) Centrifuge에서 RCF, RPM의 차이 3) 실험 방법 Cell culture Cell culture 란? 생물체의 조직편이나 조직에서 분리된 세포들을 생물체내의 환경과 동일한 배양 시스템에서 유지시켜 줌으로써 조직이나 세포의 원래 기능을 보유하도록 하는 기술의 한 방법 활용 방법 1) 세포의 Morphology 관찰 2) 치료 목적의 유용한 물질 생산 3) 유전자 삽입 및 유전자..
contig 란?
2021. 3. 23. 13:45
🧬 Bio/생명정보학
“끝나기 전에는 끝난 것이 아니다” (it’s not over until it’s over)라는 말이 있다. 왕년의 MLB 레전드인 요기 베라라는 사람이 처음 쓴 말이다. 그러나 여기서 야구 이야기를 하자는 게 아니고 이 글에서 “끝나기 전에는 끝난 게 아니다” 라는 것은 지놈시퀀싱 이야기이다. 요즘은 워낙 시퀀싱 기술이 발달되어 있고, 개인의 지놈시퀀스도 며칠만에 시퀀싱을 할 수 있네 하는 퍼스널 지놈 이야기, 그리고 수십, 수백만명의 사람의 지놈을 시퀀싱한다는 이야기 등등이 나오기 때문에 특정한 종에 대한 시퀀스 쯤은 마음만 먹으면 얼마든지 간단히 뽑을 수 있는 것처럼 생각되곤 한다. 그러나 과연 그럴까? 약 십몇년 전에 클린턴 아저씨가 하얀집에 사실때 이 아저씨는 옆에 두 사람 (Francis Co..
IGV (Integrative Genomics Viewer)
2021. 2. 1. 18:42
🧬 Bio/생명정보학
IGV (Integrative Genomics Viewer) IGV는 통합적인 유전체 데이터셋 등을 보여주는 고성능 시각과 도구이다. 어레이데이터나 NGS 데이터 등 다양한 타입의 데이터를 지원한다. IGV ? High-performance genomics data vidualization and exploration. 통합적인 유전체 데이터셋을 시각화해주는 그래픽 기반 프로그램 다양한 유전체 관련 정보를 여러가지 트랙을 통하여 보여줌 다양한 포맷의 데이터 로드할 수 있어 편리함 (array-based, NGS, annotation data) Annotation 결과를 그림과 그래프 형태로 제공해주고 Annotation 정보가 추가된 VCF 파일을 생성해줌 IGV interface IGV 메뉴 설명 IG..
Single Cell RNA Sequencing
2021. 1. 28. 16:32
🧬 Bio/생명정보학
scRNA-seq을 하는 2가지 이유 Bulk RNA-seq 분석이 불가능하므로 Bulk RNA-seq의 조직에 2가지 이상의 세포가 섞여서 전사체들이 bias를 만든다. scRNA-seq은 세포끼리 섞이지 않기 때문이 bias가 없다. 초기 scRNA의 프로토콜 피펫으로 난자 캡쳐 Cell lysis Reverse Transcription cDNA 합성 Poly A tailing PCR 따라서 조직에서 세포를 하나씩 캡쳐하는 기술이 필요하다. Barcode CB (Cell Barcode) : 각각의 세포 구분 UMI (Unique Molecular Identifier) : 각각의 분자 구분 -> 증폭의 noise를 줄일 수 있다. 여러가지 캡쳐 방법이 존재한다. 많은 종류의 세포를 얻을 수 있는 시스템..
Read count
2021. 1. 20. 14:47
🧬 Bio/생명정보학
Read count는 어떤 DNA fragment에 포함된 base sequence 들을 말합니다. 사용하는 예로는 두 group간의 read counts 차이들을 통해서 얼마나 gene 들이 differentially expressed 된지 알 수 있습니다.
Gene silencing 요약
2020. 12. 15. 10:21
🧬 Bio/분자생물학
Gene silencing RNAi (RNA interference) 유전자를 침묵시키는 짧은 RNA는 3가지 방식으로 유전자를 침묵시킨다. siRNA (cis-acting) 인공적으로 만들어지거나 더 긴 dsRNA 전구체로부터 만들어진다. cis-acting : 자기를 만들게한 전사체를 조절한다. antisense RNA와 유사하다. Drosha 필요 없음 Dicer에 의한 절단만 필요 RISC 복합체 형성 miRNA (trans-acting) 유전자에서 전사된 기다란 RNA로부터 만들어진다. trans-acting : 자기 유전자에서 만들어져 다른 유전자를 조절한다. Drosha 필요 Dicer 필요 piRNA (piwi-interaction) 주로 생식세포 발견 dsRNA 전구체 필요 없다. Dic..
분자생물학 (21) - Gene silencing
2020. 12. 13. 20:59
🧬 Bio/분자생물학
1. mRNA 붙어서 mRNA 분해 2. mRNA에 붙어서 번역 억제 3. Chromosome remodeling을 해서 표적 유전자 부위를 침묵화 해서 전사를 막는다. 세가지 경로 모두 RISC를 사용한다. 억제기작 3가지, 증폭과정 1가지 miRNA는 자기 유전자가 있고 가공돼서 핵에서 나오면 세포질에서 Dicer에 의해 가공이 한번 더 돼서 최종적으로 miRNA가 된다. 이것이 RISC 복합체를 이룬다. Argonaute : RNA 절단 효소 siRNA가 표적에 결합한다. signal을 증폭하기 위해서 RNA중합효소가 중합을 하고 Dicer로 한단위씩 자른다. miRNA는 유전자 발현조절의 핵심이다. 자기 자신의 유전자에서 1차 전사체가 단일 가닥으로 만들어진다. = Pri-miRNA 가공 1번 =..
분자생물학 정리노트
2020. 12. 12. 12:14
🧬 Bio/분자생물학
13 - 전사기작 RNAP (RNA Pol) vs DNA pol RNAP primer를 필요로 하지 않는다. 염기쌍 유지하지 않고 분리된다. 전사가 여러번 반복적으로 일어난다. 오류율이 높다. 자체적으로 Helicase 활성 갖는다. 한방향성 동시성 : RNA가 합성되자마자 번역 가능 종류 pol l : large rRNA pol ll : mRNA 중합, 대부분의 유전자 전사 pol lll : tRNA, snRNA, 5s rRNA 중합 구성요소 α2ββ'ωσ σ : 개시인자 : 전사 개시할 때만 필요하고, 전사가 진행되는 동안 이탈한다. 구조 : crab claw : 집게 모양 Mg 2+ (Cofactor) 필요 : 뉴클레오타이드 중합시키는 기능 mRNA 전사의 3단계 (initiation, elonga..
분자생물학 (20) - Regulatory RNA
2020. 12. 10. 18:57
🧬 Bio/분자생물학
trans-acting 조절자 역할을 하는 RNA Riboswitch RNA의 앞쪽 부분이 스위치 역할을 한다. Riboswitch는 sis-acting이다. trans-acting이 아니다. a. SAM이라는 물질이 riboswitch에 결합한다. 3, 4가 수소결합을 해버려서 종결인자에 의존하지 않고 전사가 중지되어 버린다. 전사체를 초기에 중단시켜 버린다. 전사 수준 억제 b. 4번의 RBS에 리보솜이 붙지 못한다. 번역이 안일어나게 한다. 번역 수준 억제 CRISPR repeat : 동일한 서열의 반복 spacer : 세균(또는 그 조상)을 공격했던 바이러스의 시퀀스로부터 뽑아낸 서열 동일한 phage에 감염됐을 때 저항성을 갖는다. cas 군단이 근처에 있다. cas = crispr associ..
분자생물학 (19.3) - DNA activation domain 2
2020. 12. 8. 09:21
🧬 Bio/분자생물학
HMGA1이 먼저 붙으면 bending이 돼서 상호협력적으로 전사인자들이 붙어서 발현을 촉진한다. 전사 억제자의 작동 기작 유전자 발현 조절은 다양한 세포 외부에서 전달되는 '신호'에 따라서 전사가 활성이되고 억제가 된다. 결국 특정 유전자의 발현의 조절하면서 진행된다. 활성화자리를 누가 가리고 있다가 신호가 오면 마스크를 벗기고 활성화 자리가 누출된다.
분자생물학 (19.2) - DNA activation domain
2020. 12. 8. 08:55
🧬 Bio/분자생물학
DNA 활성화 영역 ChIP (chromatin immunoprecipitation) chromatin = DNA + 단백질 복합체 우선, DNA와 DNA 결합 단백질을 결합시키는데, 살아있는 세포를 그냥 두면 단백질이 DNA에 붙었다가 곧 자기 할 일을 마치고 떨어진다. 따라서 폼알데하이드를 이용하여 세포를 고정시켜 DNA와 단백질의 결합을 유지하도록 한다. 이후, 초음파나 효소 따위를 이용하여 세포를 부수고 DNA를 200~300bp 정도 크기로 잘게 쪼갠다. 이 과정이 끝났다면 우리가 찾고자 하는 단백질에 대한 단일 클론 항체를 넣어 반응시키면, 항원-항체 응집반응이 일어나 우리가 목표로 하는 DNA들이 바닥에 침강하게 된다. 여기에 열을 가하면 DNA와 단백질의 결합이 풀리며 단백질과 항체는 함께..
분자생물학 (19.1) - Transcriptional regulation in eukaryotes
2020. 12. 7. 21:04
🧬 Bio/분자생물학
DNA 결합 영역 전사조절자의 DNA 결합 영역은 4가지로 나뉜다. 1. Helix-turn Helix 2. Zinc Finger 대표적인 Zinc Finger 활성자 = GAL4 3. Leucine Zipper Zipper의 용도 = dimerization 한쪽 면의 류신들과 다른쪽 면의 마주보는 류신 사이에서 Hydrophobic으로 dimeraziation 해준다. 그리고 끝에 있는 부분들(+)을 통해서 DNA에 결합한다. 4. Helix-loop-helix 그러면 우선 여기서는 활성인자들의 구조에 대해서 살펴보도록 하자. 활성인자는 DNA 결합자리와 활성화 부위가 뚜렷하게 서브유닛으로써 구분되는데, 엑손을 적절히 조합하면 새로운 형태의 활성인자를 만들 수 있다. 그러니까 A라는 활성인자의 DNA ..
분자생물학 (18) - Transcription factor
2020. 12. 6. 15:52
🧬 Bio/분자생물학
원핵생물에서의 발현 조절 세포 내 질소가 낮아지면 NtrC가 인산화가 된다. 결합을 강화기보다는 이미 결합되어 있지만 Closed promoter 에서 Open promoter로 Promoter isomeration을 도와준다. 수은 저항성 유전자. MerR(Regulator, 전사조절자) 입체적으로 돌아가 있기 때문에 결합하기가 어렵다. 그래서 RNAP가 결합할 때 불안정하다. 수은이온은 MerR에 결합하게 되고, 수은이온이 결합된 MerR이 구조변환을 한다. DNA를 틀어서 -35와 -10이 같은 면을 바라보도록 만든다. 결합을 강화시켜서 Closed promoter에서 Open promoter로 바꾼다.
분자생물학 (18) - Transcriptional regulation in prokaryotes 2
2020. 12. 6. 15:23
🧬 Bio/분자생물학
락토스는 짤리거나 Allolactose로 된다. 구조변환 된 Allolactose가 억제자에 결합해서 억제자가 망가진다. 알로락토스가 있을 때는 억제자에 붙는다. 알로락토스가 억제자에 결합하는 부위는 Operator에 억제자가 결합하는 부위와는 다르다. 입체구조가 바뀌어서 결합을 못하는 것이다. repressor가 누수성이 있어서 약간의 전사가 된다. 가끔 떨어진다. 이때 약간의 lacZ가 발현되면서 락토스를 알로락토스로 바꿔주는 효소가 만들어진다. 미래를 위해서 Glucose 있고 없고 glucose 많으면 cAMP 없고, (lactose 없다) -> CAP 불활성 glucose 없으면 cAMP 많다. (lactose 있다) -> CAP 활성
분자생물학 (18) - Transcriptional regulation in prokaryotes
2020. 12. 5. 20:46
🧬 Bio/분자생물학
젖당 없으면 오페론 작동 X -> 젖당분해효소 안 만듦 CAP : RNA중합효소를 프로모터에 붙여주는 역할 cAMP : CAP를 활성화 하는 물질, CAP에 꼭 필요한 물질 포도당 없다면 ATP -> ADP -> cAMP 가 일어난다. 포도당 있다면 ATP 분해과정이 안 일어나서 cAMP가 없다.