배아 줄기세포(ESC)와 유도 만능 줄기세포(iPSC)의 유전자 발현 패턴 분석
2021. 10. 20. 17:37
📌 Internship/BIG Lab
배아 줄기세포(ESC)와 유도 만능 줄기세포(iPSC)의 유전자 발현 패턴 분석 Introduction Background 신약개발의 패러다임은 화학물질의 합성을 통한 합성 신약의 개념에서 출발하였지만 현재는 단백질 공학을 이용한 항체 치료와 같은 바이오 신약의 개념으로 그 의미가 확장되어왔다. 최근에는 치료를 위해 살아있는 세포를 환자에게 직접 주입하는 세포 치료의 개념으로 더욱 확장되고 있다. 재생 의학은 선천적 돌연변이에 의한 유전적 변형 혹은 불의의 사고나 퇴행성 질환으로 인해 기능성을 잃어버린 인체의 기관이나 세포를 정상적으로 되돌리는 것을 목표로 하고 있다. 이러한 재생 의학의 발전에 이바지한 커다란 사건들을 꼽아보자면 줄기세포(stem cell)의 발견과 역분화(reprogramming)를 ..
Bioinformatics tool installation
2021. 4. 1. 14:29
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기본 sudo apt-get install 툴이름 웹페이지를 통한 다운로드 wget 다운로드링크 tar -zxvf 파일이름.tar.gz sudo nano /etc/environment # PATH 수정 bowtie2 sudo apt install bowtie2 samtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2 tar -jvxf samtools-1.11.tar.bz2 cd samtools-1.11 make make prefix=$HOME/tools/samtools install # path where to install samtools # add path to your .bashrc f..
bcftools 설치하기
2021. 3. 19. 17:32
📌 Internship/BIG Lab
1. 다운로드 사이트 접속 www.htslib.org/download/ 2. bcftools-1.12 download 링크 복사 3. 다운로드 wget github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.12/bcftools-1.12.tar.bz2 4. 압축 풀기 tar -jvxf bcftools-1.12.tar.bz2 5. cd bcftools-1.12 6. make 설치완료 관련 fatal error woochan-autobiography.tistory.com/601 make 에러 에러메시지 fatal error: zlib.h: No such file or directory 해결책 zlib file을 위한 패키지를 설치해 주어야 한다. sudo apt-get ins..
Workspace 설치
2021. 2. 26. 17:34
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git 을 이용한 github 파일 다운로드 sudo apt-get install git git clone git://github.com/dceoy/docker-bio.git 다운 받아진 디렉토리, docker-compose.yml 가 있는 디렉토리에서 sudo docker-compose up ubuntu 20.04 컨테이너 만들기 docker run ubuntu:20.04 class1 이름으로 우분투 만들기 docker run -t -d --name class1 ubuntu:20.04 class1 컨테이너 실행 docker start class1 class1 우분투 쉘스크립트 실행하기 docker exec -it class1 /bin/bash 다운받은 image 확인 docker images 이미지가 ..
Docker 에서 CentOS7 설치 및 IGV 설치 및 실행
2021. 2. 1. 20:35
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docker pull centos docker run -it centos /bin/bash yum을 이용한 sudo 설치 yum install -y sudo apt 설치 설치 확인 rpm -qa | grep apt apt-get >> 설치 되지 않음 yum list apt yum repo에도 없음 rpm -qa | grep rpmforge-release yum repolist Mac OS jdk 설치하기 그다음 IGV 더블클릭
닥터노아바이오텍 인턴쉽 - 4
2020. 8. 3. 14:43
📌 Internship/닥터노아바이오텍
새로 업데이트된 질병 데이터의 수 추가하기 CREATE TABLE `2020_NoteP`.`GEODATA_List_2` SELECT `GEODATA_List`.`Category`, `GEODATA_List`.`DescriptorUI`, `GEODATA_List`.`MeSH_Disease_Term`, `GEODATA_List`.`Disease_Name`, `GEODATA_List`.`Dataset_Possess`, `GEODATA_List`.`Dataset_Possess_P`, `GEODATA_List`.`Dataset_Possess_New`, IFNULL(`MeSH_Count`, 0) AS Dataset_Possess_Update, `GEODATA_List`.`TreeNumbers` FROM `GEODA..
닥터노아바이오텍 하계 인턴쉽 - 3
2020. 7. 31. 15:07
📌 Internship/닥터노아바이오텍
# Disease count SELECT `MeSH_Disease_Term`,`MeSH_Descriptor`, COUNT(*)AS `MeSH_Count` FROM `2020_NoteP`.`ALL_NOTE_P_2020` GROUP BY `MeSH_Disease_Term`; SELECT 로 보고 싶은 컬럼들 보여주기, COUNT(*) `중복개수 확인할 컬럼명` FROM `테이블명` GROUP BY `컬럼명` HAVING COUNT(*)>=1; # 한 개 이상의 것들만 세기
닥터노아바이오텍 하계 인턴쉽 - 2
2020. 7. 30. 15:01
📌 Internship/닥터노아바이오텍
ALTER TABLE `2020_NoteP_DH`.`ALL_NOTE_P_DH_20200729` DROP NOTEPID; ALTER TABLE 2020_NoteP_WC.ALL_NOTE_P_WC_20200729 DROP NOTEPID; # NULL to 0 UPDATE `ALL_NOTE_P_IS` SET memoGPL_islee = 0, WGCNA_success = 0, memo_DEGs = 0, memo_Median = 0, memo_WGCNA = 0, memo_input = 0, memo_Ver2 = 0, memo_Ver3 = 0, memo_Ver4 = 0, memo_Ver5 = 0, memo_Ver22 = 0, memo_Ver44 = 0; # NULL to 0 UPDATE `ALL_NOTE_P_SH` ..
웹 크롤링
2020. 7. 15. 10:30
📌 Internship/닥터노아바이오텍
cmd pip install 메타태그는 strong 이고 클래스는 acc 이다. 이제 우리는 html을 parsing 하는 BeautifulSoup라이브러리와 우리가 찾은 태그를 이용해서 크롤링을 해보자. strong 메타에서 클래스가 acc인 키들을 다 가지고 오자 grep : binary 파일을 문자열로 변환하여 리스트에 저장한다. def grep(lines, searchtext): lineList = [] for line in lines: if searchtext in line.decode('utf_8'): line = line.decode('utf_8') lineList.append(line) return lineList split : 문자열을 리스트로 >>> time_str = "10:34:17..
닥터노아바이오텍 하계 인턴쉽
2020. 7. 6. 17:37
📌 Internship/닥터노아바이오텍
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI sample 검색 1. 검색 카테고리에서 MeSH로 Disease 검색 >> Disease 2. 검색한 Disease의 Mesh Disease term 찾기 >> Mesh_Disease_term 3. Mesh Disease의 unique ID 찾기 >> Mesh_Discription 4. GEO Datasets 카테고리에서 Mesh Disease term 검색 5. Disease 필터링 Custom range : 2017/05/01 ~ Study type : Expression profiling by array Entry t..