grep
2020. 7. 17. 11:35
🚦 Server/Linux
https://recipes4dev.tistory.com/157 리눅스 grep 명령어 사용법. (Linux grep command) - 리눅스 문자열 검색 1. grep 명령어. grep은 입력으로 전달된 파일의 내용에서 특정 문자열을 찾고자할 때 사용하는 명령어입니다. 리눅스에서 가장 많이 사용되는 명령어 중 하나이죠. 하지만 grep 명령어가 문자열을 � recipes4dev.tistory.com
MySQL - DROP
2020. 7. 16. 14:05
🚛 Database/SQL
DROP MySQL에서는 다음과 같은 DROP 문을 사용하여 데이터베이스와 테이블을 삭제할 수 있습니다. 1. DROP DATABASE 2. DROP TABLE DROP DATABASE Hotel; 만약 테이블 자체가 아닌 테이블의 데이터만을 지우고 싶을 때는 TRUNCATE TABLE 문을 사용할 수 있습니다. 이 구문을 사용하면 테이블 자체는 그대로 남게 되며, 해당 테이블에 저장된 데이터만이 모두 삭제됩니다. 다음은 Reservation 테이블의 모든 데이터만을 삭제하는 예제입니다. TRUNCATE TABLE Reservation; 다음 예제는 Reservation 테이블의 모든 데이터뿐만 아니라 테이블 그 자체도 삭제하는 예제입니다. DROP TABLE Reservation; 이때 다음과 같이 I..
MySQL - ALTER
2020. 7. 16. 13:53
🚛 Database/SQL
ALTER MySQL에서는 다음과 같은 ALTER 문을 사용하여 데이터베이스와 테이블의 내용을 수정할 수 있습니다. 1. ALTER DATABASE 2. ALTER TABLE 데이터베이스 수정 ALTER DATABASE 문은 데이터베이스의 전체적인 특성을 수정할 수 있게 해줍니다. 이러한 데이터베이스의 특성은 데이터베이스 디렉터리의 db.opt 파일에 저장되어 있습니다. 다음과 같은 구문을 통해 데이터베이스의 문자 집합이나 콜레이션을 변경할 수 있습니다. ALTER DATABASE 데이터베이스이름 CHARACTER SET=문자집합이름 ALTER DATABASE 데이터베이스이름 COLLATE=콜레이션이름 ALTER DATABASE Hotel CHARACTER SET=euckr_bin COLLATE=euck..
SQL - CREATE
2020. 7. 16. 11:07
🚛 Database/SQL
CREATE MySQL에서는 다음과 같은 CREATE 문을 사용하여 데이터베이스와 테이블을 만들 수 있습니다. 1. CREATE DATABASE 2. CREATE TABLE CREATE DATABASE 문은 새로운 데이터베이스를 생성해 줍니다. CREATE DATABASE 데이터베이스이름 다음 예제는 Hotel이라는 새로운 데이터베이스를 생성하는 예제입니다. CREATE DATABASE HOTEL; 데이터베이스의 선택 데이터베이스를 생성한 후에, 해당 데이터베이스를 사용하기 위해서는 우선 데이터베이스를 선택해야 합니다. MySQL에서는 USE 문을 사용하여 데이터베이스를 선택할 수 있습니다. USE HOTEL; 유닉스 환경의 MySQL에서는 데이터베이스 이름의 대소문자를 구분합니다. 그러나 윈도우 환경의..
DMSO 역할 및 독성
2020. 7. 16. 10:38
🧬 Bio/생명공학
DMSO는 dimethyl sulfoxide의 약자다. DMSO는 cell culture에서 자주 등장하는데, 실로 역할이 다양하다. DMSO는 polymerase chain reaction (PCR)에서 DNA template나 DNA primers에서 secondary structures의 형성을 방해하는 역할을 한다. DNA가 쫙 펼쳐져있어야 PCR이 원활하게 일어날 수 있을테니 납득할 수 있겠다. DMSO는 cryoprotectant에서도 쓰일 수 있다. cell media에 DMSO를 섞어주면 동결 과정에서 얼음 형성으로 인한 세포 타격을 줄여주는 효과가 있다. 약 10% 농도의 DMSO에서 slow-freeze method를 썼을 경우, 세포가 영하 80 °C에서 동결되고, 액체질소에서 안전히..
웹 크롤링
2020. 7. 15. 10:30
📌 Internship/닥터노아바이오텍
cmd pip install 메타태그는 strong 이고 클래스는 acc 이다. 이제 우리는 html을 parsing 하는 BeautifulSoup라이브러리와 우리가 찾은 태그를 이용해서 크롤링을 해보자. strong 메타에서 클래스가 acc인 키들을 다 가지고 오자 grep : binary 파일을 문자열로 변환하여 리스트에 저장한다. def grep(lines, searchtext): lineList = [] for line in lines: if searchtext in line.decode('utf_8'): line = line.decode('utf_8') lineList.append(line) return lineList split : 문자열을 리스트로 >>> time_str = "10:34:17..
Cancer 용어 정리
2020. 7. 13. 09:37
🧬 Bio/생명공학
Xenograft Xenograft란 용어는 우리 말로는 "이종 이식"이며 서로 다른 종(species) 간에 조직이나 장기를 옮겨 심는 것을 말합니다. 돼지의 간을 사람에게 이식한다면 xenograft liver transplantation이라고 하는 거지요. 질문에서 xenograft tumor라는 것은, 예를 들자면, 사람에게서 발생한 암조직을 실험용 쥐에 이식한 것을 의미합니다. 암세포를 배양접시에서 배양하는 것 (in vitro)에 비해, 마우스에 옮겨서 xenograft 모델을 만들게 되면 암세포 외의 주변세포들과의 상호작용이 고려되기 때문에 좀 더 실제와 같은 조건에서 연구할 수 있는 장점이 있습니다. 참고로, 쥐에서 생긴 암조직을 다시 쥐로 이식할 때는 동종이식, 영어로는 allograft..
RNAi - shRNA, siRNA, miRNA, Knockdown, lncRNA
2020. 7. 10. 17:29
🧬 Bio/생명공학
RNAi - RNA interference. A process of mRNA cleavage and degradation that is induced by double-stranded RNA in a sequence specific manner. - A phenomenon in which the introduction of double-stranded RNA (dsRNA) into a diverse range of organisms and cell types causes degradation of the complementary mRNA. - 일반적으로 RNAi라는 용어는 dsRNA에 의해 sequence specific하게 타겟 mRNA이 degradation되어 특정 유전자가 down regulati..
닥터노아바이오텍 하계 인턴쉽
2020. 7. 6. 17:37
📌 Internship/닥터노아바이오텍
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI sample 검색 1. 검색 카테고리에서 MeSH로 Disease 검색 >> Disease 2. 검색한 Disease의 Mesh Disease term 찾기 >> Mesh_Disease_term 3. Mesh Disease의 unique ID 찾기 >> Mesh_Discription 4. GEO Datasets 카테고리에서 Mesh Disease term 검색 5. Disease 필터링 Custom range : 2017/05/01 ~ Study type : Expression profiling by array Entry t..
유전공학 요약노트
2020. 6. 30. 23:14
🧬 Bio/유전공학
유전공학 2장 - Vehicles for gene cloning Cloning Vector 조건 복제가 가능해야한다. Selection marker를 가져야 한다. 10kb 이하여야 한다. 박테리아에 넣게 플라스미드 selection marker 지닌다 : Antibiotic resistance replication origin이 있다. Copy number를 조절할 수 있다. conjuction을 통해 전달이 가능하다. 독립적으로 존재한다. 복제 방법 Non-integrative plasmid : 숙주의 DNA polymerase 사용 Integrative plasmid (Episome) : 숙주의 염색체에 삽입돼서 복제된다. Conjugation : 가까이 연접해서 recombinant DNA가 복제..
미생물학 요약노트
2020. 6. 30. 16:51
🧬 Bio/미생물학
미생물학 1장 휘태커 5계 분류 체계 five kindom = 5계 분류체계 모네라 (원핵세포) 원생생물 진균 동물 식물 Woese 3영역 분류체계를 보아라 이렇게 계통수 확립을 할 수 있도록 크게 3영역으로 나눴다. 바이러스는 3영역 분류체계에 들어가지 않는다. 세균 고세균 진핵생물 라이보자임 가장 최초에 나타나서 복제하고, 합성하기위해 RNA를 사용했다. 효소의 기능을 가진 RNA 남세균 : 최초로 산소를 만들어낸 생물 계통분석 : rRNA의 염기서열을 이용한다. 내부공생설 증거 세균의 유전체 서열이 비슷하다. 막이 두개이다. 자체 DNA 수소가설 : 산소가 없었을 당시 중요한 가설 미생물학의 기원 레벤후크 : 현미경 최초 발견, 자기 구강세균 발견 파스퇴르 : 자연발생설 (백조목 플라스크 실험), ..
24. File System
2020. 6. 24. 14:46
🚦 Server/Operating System
파일의 내부에는 Identifier가 있어서 그걸로 구분한다. 만들고 지우고 읽고 하는 기능이 있다. 파일을 분류를 해놓아야 한다. 디렉토리 : 파일이나 디렉토리를 묶어 놓는 개념 운영체제 입장에서의 디렉토리는 좀 다르다. 이름을 파일에 identifier라던지 크기라던지 파일에 접근한 시간이라던지 데이터의 모양 이라고 함 디렉토리는 운영체제 입장에서 데이터 모양(Metadata)으로 매핑 시켜주는 역할을 한다. attribute를 보여준다. attribute중 하나가 identifier 루트 디렉토리 안에는 파일이 있고 File ID는 0번이 된다 spell
23. Page Replacement
2020. 6. 24. 11:24
🚦 Server/Operating System
컴퓨터가 메모리보다 디스크에 접근하는게 수만배 느리다. Page replacement의 목적은 page fault를 최소화 하는 것이다. OPT OPT : 모든 상황에서 어떤 Page replacement policy보다 낫다. 가장 Page Fault가 낮다. 4번에서 Page fault가 발생한다. 누구를 뽑아낼 것이냐? 가장 나중에 참조될 것 같은 애를 뽑아낸다. 3이 가장 나중에 참조될 것 같으니 3을 뺀다. Hit Ratio는 5/12 이고 Page Fault Ratio는 7/12 이다. Page Fault Ratio는 낮을수록 좋은 것 그러나 Belady Algorithm은 미래에 누가 참조될지를 알 때 가능하다. 실제 system에 적용하긴 힘들고 수학적은 minimum이 언제인지를 알 때 ..
22. VM Features
2020. 6. 23. 15:07
🚦 Server/Operating System
file-backed page는 굳이 swap에다가 안 써도 된다. stack이나 heap은 백업이 없으니까 받아놔야 한다. Process의 address space의 segment에 따라서 demand paging에서 처리해야하는 방식과 적용해야하는 방식이 다르다. Equal allocation : 프로세스마다 공평하게 allocation 해줄것이다. Proportional allocation Priority allocation Global vs Local Page Replacement victim을 뽑을 때 Global Replacement : 전체 페이지 중 안쓰는 애 Local Replacement : 너가 안쓰는 것 중에서 가져다 써라 Thrashing Working set을 다 커버하지 못해서..
NP hard
2020. 6. 21. 22:04
🕶 Algorithm/알고리즘
결정론적 튜링기계 : 한 방향으로 문제를 해결하는 기계 다항시간 : 다항식으로 표현될 수 있는 시간. 다항식안의 미지수 : 알고리즘의 입력 크기 4 2 3 1 -> 2 4 3 1 -> 2 3 4 1 -> 2 3 1 4 -> 2 3 1 4 -> 2 1 3 4 -> 2 1 3 4 -> 1 2 3 4 (n-1) + (n-2) + .. + 1 = (n-1)(n)/2 주어지는 숫자의 개수 : 입력 크기 P 문제 : 알고리즘 속도가 다항식으로 표현되는 문제들 (Polynomial) , 쉬운 문제 NP 문제 : 다항식으로 표현될 수 있는지 여부가 알려지지 않은 문제들 (Non-deterministic Polynomial), 어려운 문제 결정형 문제 결정형 문제(decision problem)란 그 답이 'yes’와 ..
21. Demand Paging and VM Features
2020. 6. 21. 15:43
🚦 Server/Operating System
프로세스들이 메모리를 쓰고 있었을 때, 메모리를 추가적으로 쓰고싶다면? Swapping을 쓴다. 스와핑 (Swapping) : 페이지 하나씩 backing store로 내보내는 page out과는 달리, 프로세스 전체를 backing store로 내보낸다. - 즉, Page out으로도 메모리 부족을 해결하지 못할 경우 프로세스를 선택하여 전체를 backing store로 내보낸다. "swap out" Backing store에 swap out (빼놓고)한다. 프로레스 2기가 짜리 하나를 swap out 시키면 시간이 오래걸린다. Demand Paging Demand Paging : Page 단위로 swapping 하는 것 내가 필요한 내용만 부르고 나머지는 디스크로 빼논다. 필요할 때 쓴다. 메모리 덜..