닥터노아바이오텍 하계 인턴쉽

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

National Center for Biotechnology Information

NCBI sample 검색

1. 검색 카테고리에서 MeSH로 Disease 검색 >> Disease

2. 검색한 Disease의 Mesh Disease term 찾기 >> Mesh_Disease_term

3. Mesh Disease의 unique ID 찾기 >> Mesh_Discription

 

4. GEO Datasets 카테고리에서 Mesh Disease term 검색

5. Disease 필터링

1. Custom range : 2017/05/01 ~
2. Study type : Expression profiling by array
3. Entry type : Series
4. Organism : Homosapiens >> Organisim

6. GEO Accession >> Accession

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Cell type 분류

7. Title 혹은 Summary에서 Cell type 분류 ex) Tissue, Cell line, Cell >> Cell Type 대,중,소분류

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Micrroarray Platform 분류 

8. Platform number 표기 >> Platform

9. Series Matrix File 다운로드 후 Group_Analysis 를 통해 Color 확인 #Sample_channel_count >> Color

10. Gene symbol 존재할 시 표기 >> Symbol

11. Gene ID 존재할 시 표기 (ENTREZ_GENE_ID) >> GeneID

12. 분류의 확실 불확실 표기 >> O/X

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Groups 분류

13. Control / Test 분류 >> Groups

1. 환자의 질병에 대해 정상발현, 이상발현이 뚜렷해야 한다.
2. Sample이 3종류 이상일 시 

14. Group의 가지 수 분류 >> Total_Number_of_Groups

15. Control accession 작성 >> Samples_Control

16. Control 의 수 >> Count_Sample_Control

17. Test sample accession 작성 >> Samples_Test

18. Test sample 의 수 >> Count_Sample_Test

19. 논문 존재 여부 확인 (Citation missing)>> PMID