Bioinformatics tool installation

기본

sudo apt-get install 툴이름

---

웹페이지를 통한 다운로드

wget 다운로드링크
tar -zxvf 파일이름.tar.gz
sudo nano /etc/environment # PATH 수정

 

---

bowtie2 

sudo apt install bowtie2

---

samtools

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2
tar -jvxf samtools-1.11.tar.bz2
cd samtools-1.11
make
make prefix=$HOME/tools/samtools install   # path where to install samtools
# add path to your .bashrc file
export PATH=$HOME/tools/samtools/bin/:$PATH 

---

BBmap

$ wget sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download

$ tar -zxvf download

$ (installation directory)/stats.sh in=(installation directory)/resources/phix174_ill.ref.fa.gz

사용법 : jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/usage-guide/

---

Annovar

Annovar는 각 변이에 분석 결과를 첨가하는 annotation을 하는 소프트웨어, 즉 annotation tool이다.

 

www.openbioinformatics.org/annovar/annovar_download_form.php

위의 사이트에 가서 몇가지 정보와 이메일을 입력하면 다운로드 링크주소를 메일로 보내준다.

 

 

$ wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/....

$ tar -zxvf annovar.latest.tar.gz

 

Annovar 사용법 : medium.com/humanscape-tech/유전체-데이터-분석-3-annovar-1e54b961f264

---

bedops

bedops는 유전체 분석을 위한 툴킷으로 유전체 집합 연산(set operation), 통계, 파일 관리 등 여러 가지 툴을 포함하고 있다.

 

$ sudo apt install bedops

---

fastqc

$ wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip

 

 

---

GMAP

$ sudo wget research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2021-03-08.tar.gz

$ sudo tar -zxf gmap-gsnap-2021-03-08.tar.gz 

$ cd gmap-2021-03-08/

$ sudo ./configure

$ make

$ sudo make install

---

picard

$ wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.124/picard-tools-1.124.zip -O picard-tools-1.124.zip

$ unzip picard-tools-1.124.zip

$ #sudo mv picard-tools-1.124 /usr/local

 

Test installation

$ java -jar /path/to/picard.jar -h 

$ java -jar $PICARD -h

 

Use Picard tools

$ java jvm-args -jar picard.jar PicardToolName OPTION1=value1 OPTION2=value2...

 

picard 사용법 : broadinstitute.github.io/picard/

---

RSEM

$ wget github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.3.tar.gz

$ tar -zxf v1.3.3.tar.gz

$ cd RSEM-1.3.3/

$ make

 

$ make ebseq

or

$ cd EBSeq

$ ./install

---

STAR 2.7

$ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.8a.tar.gz

$ tar -xzf 2.7.8a.tar.gz

$ cd STAR-2.7.8a

$ cd STAR/source

$ make STAR

 

설치법 : github.com/alexdobin/STAR/

---

Reference : 

www.metagenomics.wiki/tools/bowtie2